水体内源污染也能造成黑臭水体，内源污染一般为水体底泥释放污染和外源污染物输入水体沉淀后对水体造成的污染。当水体被污染后，部分污染物日积月累，通过沉降作用或随颗粒物吸附作用进入到水体底泥中。在一定的水体条件下，污染物，比如氨氮从底泥中释放会对水体造成二次污染。同时，污染物在一定条件下转化生成的气体（如甲烷，氮气）也会导致水体底泥上浮，从而导致水体变黑臭。这种内源污染一般通过清理底泥和沿岸垃圾进行处理。
  为了减少积存水底的大量有机/无机营养物质和有害物质，减少內源性污染。根据河道具体情况采取不同的清淤方式。